O Rio Camaquã possui suas nascentes em Lavras do Sul e municípios vizinhos, fazendo com que a porção oriental do município pertença à bacia hidrográfica do mesmo. Possui cerca de 430 km de extensão, passando por municípios como Santana da Boa Vista, Encruzilhada do Sul e Amaral Ferrador, e desembocando na Laguna dos Patos, na divisa de Camaquã com São Lourenço do Sul. A Bacia do Rio Camaquã possui uma superfície de 21.517,58 km², correspondendo a 7,6% do Estado, abrangendo 26 municípios e cerca de 255 mil habitantes.

Seu curso corta diversas regiões de rochas, formando pequenos cânions em sua parte mais elevada.